Керівним органом Південної фундації медицини є Загальні збори, що скликаються один раз на рік для підсумування досягнень організації за звітний період.

Щоденну роботу організація здійснює за посередництвом Правління Фундації, що покликане реалізовувати мету та основні завдання організації.

Правління складається із голів відділеннь медичних досліджень, що, у свою чергу, уособлюють пріоритетні для організації напрямки медичних досліджень.

В організації функціонують наступні відділення:

• відділення клінічної медицини
• відділення профілактичної медицини
• відділення теоретичної медицини
• відділення фармацевтичної справи

Південна фундація медицини спеціалізується на комплексних дослідженнях проблем сучасної медицини та шляхів їх вирішення. Важливим елементом діяльності організації є також комплексне вивчення міжнародного досвіду та міжнародних стандартів окремих питань медичної практики.